Es gibt Bereiche, die mit den Methoden der Naturwissenschaft nicht erforscht werden können. Dazu gehören zum Beispiel religiöse Fragen, die ohne die Notwendigkeit von Belegen beantwortet werden können. Auf die Frage nach der Natur eines Gottes kann die Naturwissenschaft keine Antworten geben. Um diese Frage naturwissenschaftlich klären zu können, müssten Belege gefunden werden, die entweder für oder gegen die Existenz eines Gottes sprechen.
Auch zu ethischen Entscheidungen oder ästhetischen Fragen kann der Einsatz naturwissenschaftlicher Methoden nur bedingt beitragen. Wenn beispielsweise alles berücksichtigt wurde, was die Naturwissenschaft über die Entwicklung des Fötus lehrt, kann dieses Wissen nicht beantworten, ob eine Präimplantationsdiagnostik ethisch vertretbar ist oder nicht.