Trennoperationen sind äußerst wichtig für die Reinisolierung von Reaktionsprodukten. Anhand eines Paprikaextrakts werden zwei chromatographische Trennoperationen gezeigt. Eine möglichst dünne Schicht des Extrakts wird zunächst möglichst gleichmäßig auf eine mit Silicagel (stationäre Phase) gefüllte Chromatographiesäule aufgetragen. Danach werden die Bestandteile des Extrakts mit dem Laufmittel (mobile Phase) über die Säule transportiert und nach ihren fest/flüssig-Verteilungskoeffizienten aufgetrennt und als einzelne Banden sichtbar. Das gleiche Prinzip lässt sich auch in einer Chromatographie in einer dünnen Schicht von Silicagel auf einem Glasträger nutzen. Das von der Startlinie aufsteigende Laufmittel transportiert dabei die verschiedenen Bestandteile, die als Banden sichtbar sind.